Tout comme son frère aîné, Gerard Way, Mikey Way est né à Newak, dans le New Jersey. Il grandi par la suite à Belleville, dans le même État. Après des études à la Belleville High School en compagnie de son frère et de Ray Toro, il quitte l'école.
Lorsque Gerard Way décide de fonder un groupe, c'est Mikey qui trouve le nom de la formation. Ce nom sera inspiré du titre du livre Ecstasy : Three Tales of Chemical Romance, de Irvine Welsh. Il trouvera cet ouvrage pendant qu'il occupera un poste de commis dans une librairie de Clifton, toujours au New Jersey.
Aux débuts de My Chemical Romance, Way se joint au groupe, même s'il ne se considère que comme un « musicien amateur ». Parmi les instruments qu'il utilise, notons une guitare Highway, une guitare Precision ainsi qu'une guitare Fender Standard Precision.
Également, Mikey était considéré comme le nerd du groupe en raison de ses lunettes. Par la suite, il a subi une chirurgie au laser afin de régler son handicap.
Durant l'enregistrement du plus récent album de MCR, The Black Parade, Mikey a souffert de graves problèmes psychologiques, ce qui a eu pour effet de lui faire quitter le groupe momentanément. À ce sujet, il révélera plus tard : «[...] je possédais enfin ce pourquoi je me suis battu toute ma vie, mais je n'aimais pas ça [...], j'étais sur scène, et je ne m'amusais plus du tout [...]». Durant ses moments de délires ou après ses cauchermars, Mikey enregistrait ce qu'il avait vu et ce qui lui était arrivé sur une cassette. On retrouve par ailleurs ces enregistrements au début de la chanson "Sleep".
Après plusieurs séances intenses de psychothérapie, on lui a diagnostiqué un trouble bipolaire. Mikey a repris sa place au sein du groupe peu après cet épisode.
Après son mariage en mars 2007, Mikey a décidé de mettre My Chemical Romance de côté pour se consacrer à sa femme. À ce sujet, son frère Gerard a posté sur le site officiel du groupe une note :
«Le groupe a décidé de lui [à Mikey] offrir une pause bien méritée, afin qu'il puisse profiter amplement de sa vie de jeune marié. Je [Gerard] suis ravi de vous annoncer le mariage de mon frère. Le voir grandir et s'épanouir dans l'amour a fait de moi un homme heureux et très fier de lui. Je sais que cette nouvelle va vous déranger, mais n'ayez crainte, nous [le groupe] lui avons déjà trouvé un remplaçant très compétent.»
Ce remplaçant n'est nul autre que Matt Cortez, un technicien qui a déjà remplacé Frank Iero. Néanmoins, Mikey devrait revenir au sein du groupe à temps pour la tournée Projekt Revolution qui aura lieu cet été.
